Loodusteadusliku hariduse keskuse koordineeerida on gümnaasiumi loodusteaduste õpetaja magistriõppekava. Õpingud kestavad kaks aastat sessioonõppe vormis, mis on sobiv ka töötavatele õpetajatele. Õppekava võimaldab gümnaasiumi ja põhikooli bioloogia-, füüsika-, geograafia- või keemiaõpetajale vajalike teadmiste ja oskuste omandamist ning haridusteadusliku uurimistöö aluste tundmaõppimist. Omandatav haridus võimaldab asuda tööle vastavalt gümnaasiumi ja põhikooli bioloogia-, füüsika-, geograafia või keemiaõpetajana, aga ka jätkata õpinguid loodusteadusliku hariduse doktoriõppes.